Escrito e publicado sob a forma de folhetins para o Diário do Rio de Janeiro entre 1º de janeiro e 20 de abril de 1857, o romance O Guarani obedece a um ritmo de trabalho frenético que marcou a escrita da obra, assim registrado pelo autor: "O meu tempo dividia-se desta forma.
Acordava por assim dizer na mesa de trabalho e escrevia o resto do capítulo começado no dia antecedente para enviá-lo à tipografia.
Depois do almoço entrava por novo capítulo, que deixava em meio.
Saía então para fazer algum exercício antes do jantar no Hotel Europa.
À tarde, até nove ou dez horas da noite, passava no escritório da Redação, onde escrevia o artigo editorial e o mais que era preciso"
No primeiro momento, o romance aborda a descrição da civilização representada pelos domínios de D. Antônio de Mariz, fidalgo português que nos fins do século XVI, fiel ao projeto colonizador da coroa portuguesa - submetida naquele período ao domínio espanhol, instala uma fazenda às margens do rio Paquequer.
O segundo momento, marcado pelo ataque dos Aimorés lança por terra a esperança de uma sociedade portuguesa no solo brasileiro: a ordem da civilização portuguesa deve ser destruída, para que renasça a nação brasileira.
Por fim, o terceiro momento, o renascimento, a união de Ceci e Peri.
Sozinha no mundo, Ceci se recusa a ir para o Rio de Janeiro, após a destruição dos domínios de seu pai, preferindo ficar com Peri.
O final é aberto, sugerindo a fusão de europeus e índios cristianizados e submissos como a fundação da nacionalidade brasileira: "O hálito ardente de Peri bafejou-lhe a face.
Fez-se no semblante da virgem um ninho de castos rubores e lânguidos sorrisos: os lábios abriram como as asas purpúreas de um beijo soltando o vôo.
A palmeira arrastada pela torrente impetuosa fugia...E sumiu-se no horizonte".